A disciplina tem por objetivo a compreensão da via da autofagia em situações fisiológicas e patológicas. Esa compreensão se dá na autofagia em si (diferentes tipos) e nas suas causas econsequências. rotas inflamatórias apresentam vários pontos de troca com a autofagia, sendo desta forma, por vezes um agente causador e por outras um produto da autofagia. A autofagia modula a sobrevida celular e, consequentemente, modula a morte celular programada, apoptose.